Spolupráce s mnoha různými subjekty je pro nás jednou z klíčových oblastí zajišťující správné fungování školy a spokojenost jejích žáků a pedagogických pracovníků. ZŠ Botičská rozvíjí spolupráci s partnery mnoha směry na formální i neformální úrovni a je v tomto ohledu otevřena vzájemné informovanosti. Navázaná i nově či jednorázově navazovaná spolupráce profiluje výchovnou a vzdělávací činnost školy ve výukových i mimovýukových oblastech. Spolupráce je obvykle obousměrná, při níž ZŠ Botičská získává nové příležitosti a rozšiřuje obzory svým žákům a zaměstnancům výměnou za zviditelnění a nabízení svých silných stránek a výhod, mezi něž lze zařadit: rodinné prostředí malé školy, dobré umístění nedaleko centra Prahy, vnitřní i venkovní sportovní areál, profesionální pedagogický tým, budovu Centra volného času Botič, poskytování zázemí pro žáky-sportovce, organizování volnočasových aktivit a školních pobytů, dobrovolnictví žáků, sdílení budovy s MŠ a mnoho dalších atributů.

ZŠ Botičská spolupracuje na mnoha úrovních se svým zřizovatelem, tedy Městskou částí Praha 2, která pro žáky pořádá různé soutěže a vystoupení a podporuje též vzájemné kontakty škol. Velmi důležitým partnerem jsou rodiče, resp. zákonní zástupci žáků školy, které ZŠ Botičská vnímá jako klienty. Nejen z důvodu sdílení budovy probíhá spolupráce mezi vedením ZŠ Botičská a MŠ Na Děkance. Tradičním subjektem a dlouhodobým partnerem, s nímž ZŠ Botičská spolupracuje a podílí se na výchově a vzdělávání mladých sportovců, je sportovní klub Bohemians 1905. Od roku 2011 škola vede žáky k prosociálnímu chování a aktivnímu dobrovolnictví a zapojuje se do vybraných celostátních charitativních projektů, při nichž pomáhá získat finanční prostředky na pomoc potřebným. Vnitřní prostory školy a zejména venkovní sportoviště jsou mimo vyučování k dispozici pro pronájmy a dávají možnost využít areál školy i jiným subjektům nebo veřejnosti. ZŠ Botičská rozvíjí i  další spolupráci např. se spolkem Vltavan či občanským sdružením Lékořice.